Daleko od Ziemi, w rejonie kosmosu zwanym sektorem Koprulu, na skolonizowanej przez terran planecie Mar Sara rozegrały się wydarzenia, które miały kluczowe znaczenie dla przyszłości tego zakątka galaktyki. Rasa zergów – obcych istot połączonych zbiorową świadomością, które dążyły do zniszczenia wszelkiego życia – zainfekowała planetę, co zmusiło Konfederację – rząd sprawujący kontrolę nad Mar Sarą i innymi częściami sektora Koprulu zajętymi przez terran – do ewakuacji personelu wojskowego i wydania kolonii na pastwę żarłocznego roju. Szeryf Jim Raynor postanowił stawić czoło obcym i uratować ludność cywilną. W tym celu połączył siły z grupą buntowników zwanych Synami Korhalu, którym przewodził ambitny i urzekający Arcturus Mengsk. Wprawdzie udało im się ewakuować kolonistów, ale planeta została spustoszona przez zergi. Niedługo potem pojawili się jednak protosi – zaawansowana cywilizacja, której przedstawiciele są zespoleni duchowo za pomocą psionicznego połączenia zwanego khalą. Przeprowadzili oni atak z orbity i roznieśli najeźdźców w pył.

Po upadku Mar Sary, Synowie Korhalu (wraz z Raynorem, Mengskiem i Sarą Kerrigan, która w przeszłości należała do duchów, czyli dysponujących mocami psionicznymi zabójców na usługach Konfederacji) przegrupowali się na Antidze Większej. Jim i Sara szybko stali się sobie bliscy – szczery do bólu szeryf i zabójczyni o telepatycznych zdolnościach stanowili doprawdy idealną parę. Kiedy zergi najechały Antigę Większą, Mengsk zasugerował, aby Synowie Korhalu wykorzystali konfederacką technologię projekcji psionicznej i uruchomili specjalne nadajniki, których sygnał sprowokowałby obcych do zaatakowania sił Konfederacji. Bezwzględna taktyka Mengska okazała się zabójczo skuteczna.

Zachęceni odniesionym sukcesem, Synowie Korhalu przypuścili szturm na Tarsonis, stolicę Konfederacji, wysyłając na nią zmanipulowane psionicznie zergi. Sara i Jim nie kryli swoich zastrzeżeń wobec wykorzystania obcej rasy jako broni, ale Mengsk postawił na swoim. Duża koncentracja zergów zwróciła uwagę protosów, którzy zaatakowali planetę. Mengsk wysłał więc na powierzchnię Kerrigan z małym oddziałem, aby odparła najeźdźców i dała Synom Korhalu czas na splądrowanie planety.

Sara nie zdawała sobie jednak sprawy, że w przeszłości, podczas służby w jednostce duchów, zamordowała ojca Arcturusa. Gdy więc poddała w wątpliwość rozkazy przywódcy rebeliantów, Mengsk uznał, że nie była mu już ona więcej potrzebna i porzucił ją na pastwę zergów pośród zgliszcz Tarsonis.

Raynor i jego załoga, oburzeni tą decyzją, opuścili Synów Korhalu. Wprawdzie później przejęli okręt flagowy Mengska – Hyperion, ale nie zdołali zmienić nastawienia Arcturusa, który odbudował zniszczone rządy Konfederacji pod postacią Dominium Terran i tym samym rozpoczął nową epokę rządów tyranii w sektorze Koprulu.

Arcturus Mengsk był przekonany, że skazał Sarę Kerrigan na śmierć, ale zergi okazały się być bardziej pragmatyczne, niż mógł przypuszczać. Rój, zaintrygowany zdolnościami psionicznymi kobiety, zabrał ją na pokrytą magmą planetę Char, gdzie kierujące działaniami zergów inteligentne stworzenie zwane Nadświadomością poddało ją misternej przemianie w Królową Ostrzy – pierwszą zainfekowaną przez zergi istotę zdolną do samodzielnego myślenia.

Pogrążony w letargu umysł Kerrigan rozpaczliwie wołał o pomoc w pustce kosmosu. Na wezwanie odpowiedział Jim Raynor, który – wciąż wstrząśnięty wydarzeniami na Tarsonis – stanął na czele byłych Synów Korhalu (teraz nazywanych Rekieterami Raynora) i udał się na Char, aby odnaleźć Kerrigan.

Na wezwanie Kerrigan odpowiedzieli nie tylko Rekieterzy. Na Char dotarły także siły protosów, którym przewodził egzekutor Tassadar. Swego czasu stanowczo sprzeciwił się oczyszczeniu zainfekowanej przez zergi Mar Sary z wszelkich form życia, ale został przegłosowany przez Konklawe – cywilny rząd protosów, który uznał, że powstrzymanie rozprzestrzeniania się zergów było warte poświęcenia znajdujących się na planecie terran.

Moce psioniczne Kerrigan przywiodły na Char także inną grupę protosów, pod dowództwem prałata Zeratula. Należeli oni do sekty mrocznych templariuszy (złożonej z protosów, którzy opuścili khalę) i od dawna byli wrogo nastawieni do swoich khalaickich pobratymców. Jednakże na Char protosi postanowili połączyć siły, aby osiągnąć nadrzędny cel, jakim było zniszczenie zergów. Rekieterzy Raynora podjęli się próby uwolnienia Kerrigan, ale udało jej się dotrwać do końca procesu przemiany, a następnie odeprzeć protoskich i terrańskich najeźdźców.

Unieruchomieni na Char Tassadar i Raynor skupili na sobie uwagę Królowej Ostrzy, dzięki czemu Zeratul mógł zgładzić cerebrata Zasza – inteligentną istotę kontrolującą rój, która zdolnościami ustępowała jedynie Nadświadomości. Było to jednak pyrrusowe zwycięstwo, ponieważ Zeratul zabił Zasza przy pomocy mocy psionicznych, przez co nieświadomie wyjawił położenie Aiuru – ojczystej planety protosów.

Zergi gromadnie udały się na Aiur, aby zniszczyć protosów, zasymilować ich kod genetyczny i tym samym wprowadzić swoją rasę na wyższe stadium rozwoju. Aiur został zalany zarodnikami obcych i zaroił się od latających poczwar i krwiożerczych stworów, a Nadświadomość zagnieździła się na ojczystej planecie najpotężniejszej cywilizacji w sektorze Koprulu.

Kiedy obradujące na Aiurze Konklawe straciło kontakt z siłami ekspedycyjnymi Tassadara, władze protosów postanowiły bezzwłocznie awansować do rangi egzekutora młodego templariusza Artanisa. Po objęciu dowodzenia podjął się on próby wyparcia zergów z planety przy wsparciu sojuszników (m.in. pretora Feniksa – długowiecznego wojownika o niezrównanych umiejętnościach), ale natrafił na bardzo silny opór.

Tymczasem przebywającemu na Char Tassadarowi udało się nawiązać kontakt z Aiurem i przekazać pobratymcom informację o kluczowym znaczeniu: gdyby udało im się zabić cerebratów, znaczna część zergów wpadłaby w popłoch i odłączyłaby się od roju. Obrońcy Aiuru podjęli się próby zabicia jednego z cerebratów koordynujących inwazję, ale ponieśli porażkę. W tym samym czasie Konklawe dowiedziało się, że podczas pobytu na Char Tassadar połączył siły z Zeratulem, i uznało, że dopuścił się herezji. Fenix i Artanis stoczyli zażarte walki w różnych prowincjach Aiuru, ale linia frontu nie przesunęła się nawet o krok. Co więcej, Fenix poległ podczas jednego z tych starć, gdy próbował odeprzeć zergów nacierających na Antiochię.

Protosi dołączyli do Tassadara na Char, ale zamiast zaproponować sojusz i wspólne kontynuowanie walki, egzekutora pozbawiono dowództwa i aresztowano. Chociaż rozkazano mu udać się na Aiur i oczekiwać na proces, Tassadar podzielił się ze swoimi pobratymcami cennym spostrzeżeniem: moce otchłani, którymi władali mroczni templariusze, mogły definitywnie zabić cerebratów. Następnie przekonał Artanisa do uratowania Zeratula – który znajdował się w potrzasku, otoczony przez siły Dominium na Char – oraz do połączenia sił z mrocznym templariuszem i uderzenia na znajdujących się na Aiurze cerebratów. Artanis poprowadził podległych mu khalaitów i wojska Zeratula na Aiur, ale obecność znienawidzonego mrocznego templariusza na ojczystej planecie protosów wywołała zamieszki i wojnę domową.

Przerażony takim obrotem spraw Tassadar podjął się próby obalenia Konklawe, aby protosi mogli się skupić na walce z zergami, ale ostatecznie uznał zwierzchność najwyższego zgromadzenia, ponieważ chciał powstrzymać dalszy rozlew krwi i położyć kres bratobójczym walkom. Trafił do więzienia, został uwolniony przez Jima Raynora i Feniksa (przywrócego do życia w pancerzu machiny wojennej nazywanej dragonem), po czym postanowił zaatakować Nadświadomość. Korzystając z wiedzy przekazanej mu przez Zeratula, Tassadar skupił moce otchłani mrocznych templariuszy oraz khali protosów z Aiuru, a następnie poprowadził swój okręt flagowy do samobójczego uderzenia na Nadświadomość i tym samym poświęcił się, aby ją zniszczyć.

Wprawdzie po śmierci Nadświadomości szczepy zergów poszły w rozsypkę, ale rój nadal znajdował się na Aiurze. Będący w trudnej sytuacji protosi postanowili opuścić ojczystą planetę i wycofali się na spowitą cieniem Shakuras, skąd wywodzili się mroczni templariusze. Podjęto się tam próby połączenia dwóch społeczności, co jednak okazało się być bolesnym procesem. Matriarchini Raszagal, duchowa przywódczyni mrocznych templariuszy na Shakuras, przychylnie odniosła się do rodzącego się na planecie przymierza, ale nie pozostawiła obu stronom żadnych złudzeń: zergi nie tylko podbiły Aiur – szczep kierowany przez cerebrata Daggothem najechał również Shakuras.

Sprzymierzone siły protosów starały się wspólnie wytrzebić zergi, ale najeźdźcy przewyższali ich liczebnie. Niespodziewanie obrońcy zyskali sojusznika z najmniej oczekiwanej strony: do cytadeli Raszagal na Shakuras przybyła Kerrigan, Królowa Ostrzy, która przysięgła, że Nadświadomość nie ma już nad nią kontroli. Kerrigan poprosiła protosów o pomoc w uśmierceniu nowej Nadświadomości, którą przywrócono do życia na Char i która znajdowała się na wczesnym etapie rozwoju. W zamian zaoferowała pomoc w oczyszczeniu Shakuras ze szczepu Daggotha. W tym celu należało odzyskać dwa kryształy khaydarin, czyli artefakty pozwalające na uwolnienie mocy zgromadzonej w świątyni poświęconej xel’naga – starożytnej rasie, którą protosi czcili jako swoich stwórców.

Chociaż Zeratul, Fenix i Artanis obawiali się współpracy z Królową Ostrzy, Raszagal zdecydowała, że warto zaryzykować. Wątpliwi sprzymierzeńcy wyruszyli na poszukiwanie dwóch kryształów. Połączonym wojskom protosów i zergów pod dowództwem Królowej Ostrzy udało się zdobyć oba artefakty – pierwszy z nich był w posiadaniu naukowców Dominium, natomiast drugiego strzegły zdziczałe szczepy zergów na Char, które otaczały odrodzoną Nadświadomość. Podczas nieobecności głównych sił protosów na Shakuras sędzia Aldaris, który sprzeciwiał się współpracy zarówno z zergami, jak i mrocznymi templariuszami, zaczął powątpiewać w intencje matriarchini Raszagal i poprowadził podległy mu legion protosów przeciwko niej. Straż przednia głównych wojsk ekspedycyjnych stłumiła rewoltę Aldarisa i wzięła go do niewoli. Kiedy ten zaczął otwarcie mówić o swoich podejrzeniach wobec Raszagal, Kerrigan pozbawiła go życia.

Wściekli protosi wygnali Królową Ostrzy ze swojej planety, a następnie aktywowali kryształy khaydarin w sercu świątyni xel’naga. Zgromadzone w budowli moce wywołały falę uderzeniową, która dotarła do najdalszych zakątków Shakuras, całkowicie oczyszczając planetę z zergów.

Do sektora Koprulu przybył potężne siły ekspedycyjne Dyrektoratu Zjednoczonej Ziemi pod dowództwem admirała Gerarda DuGalle’a i wiceadmirała Aleksieja Stiukowa. Wyznaczono im bardzo konkretne zadanie: przejąć kontrolę nad terranami i zjednoczyć podzieloną ludzkość. Gdy już zorientowali się w skomplikowanej sytuacji panującej w sektorze, Stiukow i DuGalle połączyli siły z niedobitkami Konfederacji (pod dowództwem Samira Durana) i postanowili obalić imperatora Mengska.

Siły DZZ podjęły się próby przejęcia krążowników Dominium zacumowanych w stoczniach dylariańskich, gdzie stoczyły zwycięską walkę z jednym z generałów Mengska – Edmundem Duke’m. Następnie – zgodnie z sugestią Durana – DZZ udał się na Tarsonis, aby odzyskać zakłócacz mocy psionicznych – konfederackie urządzenie, które zagłuszało sygnały psioniczne zergów. Duran i DuGalle chcieli je zniszczyć, tak aby Mengsk nie mógł z niego korzystać, ale Stiukow uznał, że urządzenie może być cennym atutem w walce z zergami i ukrył je.

Zachęcony odniesionymi sukcesami, DZZ najechał Korhal – stołeczną planetę Dominium. Zanim jednak przeważającym siłom Ziemian udało się pojmać Mengska, uratował go krążownik Hyperion. Jim Raynor (i towarzyszący mu protosi) zdecydował się na ten krok na prośbę Kerrigan, w nadziei, że będzie można wykorzystać flotę imperatora przeciwko DZZ, którego liczne wojska stanowiły zagrożenie dla całego sektora.

DZZ dopadł swoich wrogów w pobliżu Aiuru, ale musiał stawić czoła rojowi zergów. Podczas walki Stiukow zwrócił uwagę na coś podejrzanego: siły Samira Durana nie brały udziału w obronie. Admirał postanowił to zbadać i wycofał się z walki. Pozbawione wsparcia wojska DZZ zostały rozbite, a Raynor, Mengsk i protosi uciekli na Shakuras przez znajdujące się na Aiurze wrota przesyłowe.

Podejrzewając swojego towarzysza broni o zdradę, DuGalle wysłał Durana z zadaniem schwytania Stiukowa. Kiedy głównodowodzący DZZ przybył na planetę Braxis, odnalazł umierającego wiceadmirała w pobliżu zakłócacza psionicznego. Według Stiukowa prawdziwym zdrajcą był Duran – to on miał go postrzelić i uruchomić procedurę samozniszczenia urządzenia. Nie kryjąc swojego przerażenia na myśl, że zergi mogły zainfekować Durana, DuGalle i jego wojska rozbroiły zakłócacz, a reszta floty DZZ uderzyła na obcych.

Wprawdzie bitwa była zażarta, ale dzięki zakłócaczowi zakończyła się przeważającym zwycięstwem DZZ. Ziemianom udało się wprowadzić zamęt w hordach zergów i uśpić nową Nadświadomość za pomocą narkotyków i mocy psionicznych. DuGalle – dumny z odniesionego zwycięstwa – ogłosił, że Nadświadomość należy do Ziemian.

Po zakończeniu oblężenia Char, Kerrigan postanowiła powetować sobie poniesione straty. W tym celu skontaktowała się z Jimem Raynorem oraz protosami i zaproponowała, aby wspólnie uratować pozostałości Dominium Terran i wziąć odwet na DZZ. Jej rozmówcy przemogli swoją niechęć i zgodzili się na taki plan, ponieważ uznali, że po przejęciu kontroli nad Nadświadomością DZZ stanowiło większe zagrożenie niż Kerrigan.

Działając zgodnie ze wskazówkami Samira Durana, Kerrigan podjęła się próby zjednoczenia pod swoją kontrolą zdziesiątkowanych szczepów zergów. „Zachęciła” Mengska do dostarczenia jej nadajnika psionicznego, który wykorzystała do ściągnięcia na Braxis znacznych sił zergów i zniszczenia kontrolowanego przez DZZ zakłócacza psionicznego. Następnie razem ze swoimi sojusznikami przypuściła atak na Korhal: Raynor i Fenix zajęli się fortyfikacjami, podczas gdy zergi Kerrigan przedarły się przez pierwszą linię obrony i zniszczyły siły DZZ. Planeta została zdobyta i Mengsk rozpoczął odbudowę swojego imperium. Na drodze stanęła mu jednak Kerrigan, która po przywróceniu podległego jej roju do pełnej potęgi dopuściła się podłej zdrady i zaatakowała swoich sojuszników. Udało jej się zabić Feniksa i generała Duke'a oraz zmusić do ucieczki Raynora i Arcturusa.

Tylko jedna rzecz dzieliła Kerrigan od przejęcia kontroli nad wszystkimi zergami. Królowa Ostrzy udała się na Shakuras i wzięła Raszagal do niewoli, po czym kazała Zeratulowi zabić kontrolowaną przez DZZ Nadświadomość, podczas gdy znajdujące się pod jej kontrolą zergi zadały decydujący cios siłom Ziemian. Mroczny templariusz wykonał powierzone mu zadanie i zażądał wypuszczenia Raszagal, ale matriarchini odmówiła – okazało się, że znajdowała się pod kontrolą Kerrigan, odkąd Królowa Ostrzy po raz pierwszy przybyła na Shakuras. Pogrążony w smutku Zeratul wolał zabić swoją przywódczynię, niż dopuścić, aby była marionetką w rękach Królowej Ostrzy.

DuGalle, Mengsk i Artanis – wątpliwi sojusznicy, których Kerrigan wywiodła wcześniej w pole – wspólnie przeprowadzili desperacką ofensywę na Char, ale Królowa Ostrzy najpierw zadała druzgoczące straty ich flotom, a następnie… pozwoliła, aby część niedobitków uciekła. Pozostali przy życiu wrogowie nie stanowili już dla niej problemu. Mengsk i Artanis umknęli, a DuGalle, który stracił całą flotę, z rozpaczy odebrał sobie życie. Kerrigan – usatysfakcjonowana zdobyciem absolutnej władzy nad Rojem – umocniła swoją pozycję na Char, po czym słuch o niej zaginął.

Tymczasem Zeratul odkrył, że jedna z mrocznych planet skrywała odrażającą tajemnicę: hybrydę zergów i protosów, którą wyhodował Samir Duran. Były sprzymierzeniec DZZ i Kerrigan napomknął, że służy potężniejszym panom niż istoty, jakie mógł znać Zeratul. Zapowiedział też, że rozmieszczone przez niego w różnych zakątkach sektora Koprulu hybrydy wkrótce nadejdą i na zawsze zmienią oblicze galaktyki.

W ciągu czterech lat po zakończeniu wojny szczepów Jim Raynor i dowodzeni przez niego Rekieterzy (w tym idealistyczny kapitan Matt Horner i pomysłowy, choć mrukliwy główny inżynier Rory Swann) całkowicie poświęcili się walce o wolność. Podróżowali z planety na planetę na pokładzie Hyperiona i rozniecili powstanie przeciwko rządom imperatora Arcturusa Mengska, który – uciekając się do propagandy strachu – zdołał jednak z czasem odzyskać kontrolę nad przestrzenią kosmiczną Dominium w sektorze Koprulu.

Jim zaszył się w barze i w samotności zmagał ze swoimi demonami: niemożnością uratowania Sary, zanim została zainfekowana; udziałem w wyniesieniu Mengska do władzy, a także brakiem możliwości, aby go obalić. Niespodziewanie Raynora odnalazł jego stary znajomy – zbiegły skazaniec Tychus Findlay, który zaproponował, aby wspólnie zajęli się poszukiwaniem fragmentów obcych artefaktów i sprzedali je chętnym kupcom z Fundacji Moebiusa. Ponieważ Mengsk nakazał wpisać ich przewóz na listę przestępstw, Jim przystał na propozycję Findlaya.

Kiedy Tychus i Raynor odkryli artefakt na Mar Sarze, planeta została zaatakowana przez zergi, które od czasów wojny szczepów widywano tylko sporadycznie. Zapoczątkowało to rywalizację pomiędzy Dominium, Rekieterami oraz Królową Ostrzy, w której stawką było zdobycie większej liczby artefaktów. Pojawienie się Kerrigan wstrząsnęło Raynorem i zaintrygowało Tychusa, który był szczególnie zainteresowany relacjami między Jimem i Sarą.

Wkrótce potem kapitan Horner dowiedział się, że na Tarsonis funkcjonowała dostawcza linia kolejowa Dominium, której broniła zaledwie garstka wrogów. Rekietierzy wysłali na powierzchnię planety grzechotniki – unoszące się na poduszce magnetycznej pojazdy, dzięki którym udało im się dogonić pociągi i zdobyć ich ładunek, w tym starego konfederackiego adiutanta, czyli sztuczną inteligencję zaprogramowaną na przechowywanie informacji i nadzorowanie łączności. Po rozszyfrowaniu zgromadzonych w nim danych okazało się, że adiutant zawierał zapis transmisji z upadku Tarsonis, w tym dowody na to, że Mengsk wykorzystał zergi do walki z terranami. Rekieterzy nareszcie zyskali oręż, który mogli przeciwstawić propagandzie dyktatora.

Raynor pomógł grupie kolonistów z rolniczej planety Agria, której przewodniczyła dr. Hanson. By się odwdzięczyć pomagała w prowadzeniu badań. Wielu kolonistów uciekło do obozu na Meinchoff, jednak tam dopadł ich wirus Zergów. Koloniści udali się na urodzajną planetę Haven, jednak Protossi wykryli wśród ludzi zainfekowanych. Raynor musiał wybrać, czy walczyć z Protossami, czy z Zergami.

Na Czerwonej Skale Raynor spotkał Gabriela Tosha. Był zbuntowanym duchem. Zapłacił Raynorowi za gaz Terrazyt i minerał Jorium, których chciał używać do szkolenia własnych duchów. Mieli nimi zostać więźniowie z planety więzięnnej - Nowego Folsom. Duch Dominium - Nova powiedziała o tym Raynorowi - przekonywała, że Tosh zbuntuje się przeciwko Raynorowi.
Raynor znów musiał dokonać wyboru.

Raynor odzyskał też parę artefaktów na planetach Monolyth i Xil. Były one strzeżone przez tal’darimów – brutalnych protoskich ekstremistów, którzy nie byli związani ani z khalaitami, ani z mrocznymi templariuszami. Wprawdzie Raynorowi coraz bardziej zależało na odzyskaniu artefaktów, ale zaniepokoił go kult, jakim tal’darimowie zdawali się je otaczać, nie wspominając o ponownym pojawieniu się zergów w przestrzeni kosmicznej terran.

Kiedy Jim zaprzątał sobie głowę, co mogą mieć wspólnego te dwa fakty, na statku pojawił się niespodziewany gość – prałat mrocznych templariuszy Zeratul.

Wprawdzie Raynor i Zeratul nie widzieli się od dawna, ale ich spotkanie po latach nie miało bynajmniej radosnego charakteru. Protos od razu ostrzegł Jima przed nadchodzącą zagładą, a na poparcie tych słów wręczył mu kryształ Ihan, na którym zapisał swoje wspomnienia.

Kryształ pozwolił Jimowi ujrzeć to, co widział Zeratul. Podążając tropem przepowiedni zawierającej wzmianki o xel’naga – starożytnej rasie obcych, która w zamieszchłych czasach wprowadziła protosów i zergów na wyższe stadium ewolucji, Zeratul udał się najpierw na planetę Ulaan… gdzie natrafił na Królową Ostrzy. Dwójka śmiertelnych wrogów starła się w pojedynku, ale Zeratulowi udało się uciec z fragmentami tabliczki zawierającej dokładną treść przepowiedni. Następnie udał się na planetę Zhakul, aby poprosić sukcesorów – kastę archiwistów i historyków – o ich przetłumaczenie.

Na Zhakul Zeratul natrafił na jedną z potężnych hybryd – dojrzałą wersję plugastwa, które zobaczył wiele lat wcześniej w laboratorium Durana. Siły mrocznego templariusza uniknęły konfrontacji z niemalże niezwyciężoną hybrydą i dotarły do sukcesorów. Zgodnie z ich interpretacją, kluczowe znaczenie dla zrozumienia treści przepowiedni miał „Wielki Głód”. Podążając tym tropem, Zeratul przybył na Aiur, aby szukać odpowiedzi przy truchle Nadświadomości.

Po przybyciu na Aiur Zeratul postanowił zespolić się duchowo z Nadświadomością. W ten sposób nawiązał kontakt z istotą, której duch był ściśle powiązany z martwym stworzeniem. Okazało się, że jest to dawny sprzymierzeniec mrocznego templariusza – Tassadar, który poświęcił się, aby zabić monstrum. Wyjawił on Zeratulowi straszliwą prawdę: Nadświadomość stworzyła Królową Ostrzy, aby wyzwolić zergi. Co więcej, dane jej było ujrzeć wizję przyszłości, w której istota zwana Mrocznym Głosem wykorzystuje zergi do unicestwienia protosów i terran – Królowa Ostrzy miała sprawić, że nie dojdzie do zniewolenia zergów. Informacje te wstrząsnęły Raynorem, który zdał sobie sprawę, że wprawdzie Kerrigan miała na rękach krew milionów ofiar, ale była zarazem jedyną nadzieją na powstrzymanie zergów przed zniszczeniem wszelkiego życia w sektorze.

Tymczasem Rekieterzy opracowali plan, który miał zdyskredytować Mengska w oczach opinii publicznej. Zakładał on przejęcie kontroli nad Odynem – gigantycznym mechem oblężniczym, który miał wziąć udział w paradzie na dedykowanym imperatorowi placu na Korhalu. Podczas gdy megamech siał zniszczenie na powierzchni planety, Rekieterom udało się nadać transmisję z dowodami zbrodni Mengska, która dotarła do najdalszych zakątków strefy wpływów Dominium.

Obywatele Dominium nie kryli swojego oburzenia i wściekłości, a kilka planet ogłosiło, że opuszcza federację. Rządy Mengska zaczęły chwiać się w posadach.

Przypadkowo znaleźli również tajne laboratorium Mengska, w którym tworzył hybrydy Protossa i Zerga. Mangsk na pewno nie działał w pojedynkę. Hybrydy na wolności łatwo mogłyby się zbuntować przeciw imperatorowi, jednak rakieterzy nie magli zabić hybrydy - tak była silna. Musieli się ewakuować.

Kiedy Jim ponownie skupił się na poszukiwaniu artefaktów, doszły go wieści, że Tyrador – rodzima planeta Fundacji Moebiusa – została zaatakowana przez zergi. Aby nie stracić swojego głównego kontrahenta, Raynor postanowił ewakuować dr. Emila Naruda i odzyskać należące do Fundacji dane. Atakiem na planetę dowodziła Królowa Ostrzy we własnej osobie, co według Naruda wskazywało, że lęka się ona pochodzenia artefaktów, stworzonych przez starożytnych xel’naga.

Niedługo po ewakuacji większości naukowców z Raynorem skontaktował się szef Fundacji Moebiusa – Valerian Mengsk, syn Arcturusa. Młody książę twierdził, że artefakty xel’naga można połączyć w całość, a następnie aktywować w celu przywrócenia Królowej Ostrzy do ludzkiej postaci. Jim z początku nie ufał następcy tronu Dominium, ale ostatecznie zgodził się z nim współpracować, ponieważ w końcu nadarzyła się stosowna okazja, aby powstrzymać zergi i złagodzić poczucie winy związane z przemianą Sary.

Rekieterzy zdobyli ostatnie fragmenty artefaktu na umierającej planecie Typhon oraz na tajemniczym statku międzyplanetarnym xel’naga, bronionym przez fanatycznych tal’darimów. Następnie podjęli się realizacji planu Valeriana, który zakładał przeprowadzenie ofensywy na Char pod dowództwem generała Horace’a Warfielda i odwrócenie procesu infekcji Królowej Ostrzy. Valerian miał nadzieję, że sukces przedsięwzięcia nie tylko przywróci Kerrigan do ludzkiej postaci, lecz także będzie dowodem na to, że jest on godnym następcą swojego ojca.

Bitwa o Char była krwawa i zaciekła. Flota terran poniosła znaczne straty, ale udało jej się założyć bazę na powierzchni i Raynor umieścił złożony w całość artefakt w pobliżu ula Kerrigan. Znajdujące się na planecie zergi uderzyły na najeźdźców z całą furią, ale wtedy doszło do wyładowania zgromadzonej w artefakcie energii w postaci potężnego impulsu, który rozproszył zergi i przywrócił Kerrigan do ludzkiej postaci. Królowa Ostrzy została ogłuszona, a Raynor pospieszył jej na ratunek…

Wtedy właśnie Tychus postanowił wypełnić rozkaz, który swego czasu pozwolił mu wyjść na wolność. Postępując zgodnie z wolą Mengska, Findlay podniósł broń, aby zabić pozbawioną zergowych cech Królową Ostrzy. Raynor, oszołomiony takim obrotem spraw, podjął błyskawiczną decyzję i zastrzelił przyjaciela, zanim zdołał on odebrać życie Sarze.

Następnie Raynor wydostał się z Char z wyczerpaną i nieświadomą swoich dawnych czynów Sarą. Na pierwszy rzut oka udało mu się przywrócić Kerrigan do ludzkiej postaci, a rój został rozbity. Czyżby druga wielka wojna dobiegła końca?